Questa guida raccoglie le domande che fondatori, amministratori e CFO di startup ci rivolgono più spesso quando arriva una comunicazione di irregolarità dell’Agenzia delle Entrate che riguarda un credito d’imposta: ricerca e sviluppo, innovazione tecnologica, beni strumentali, formazione. Le risposte sono complete, ma scritte come si parla a un cliente seduto davanti alla scrivania: senza formule burocratiche.
Il contesto normativo, in quattro frasi. L’avviso bonario nasce dal controllo automatizzato previsto dall’art. 36-bis del D.P.R. 600/1973 (e, per l’IVA, dall’art. 54-bis del D.P.R. 633/1972) oppure dal controllo formale dell’art. 36-ter. Dal 1° gennaio 2025, per effetto del D.Lgs. 108/2024, il contribuente ha 60 giorni per pagare, rateizzare o contestare (90 se l’avviso è trasmesso all’intermediario). Il D.Lgs. 87/2024 ha ridisegnato le sanzioni e, per la prima volta, ha definito per legge la differenza tra credito “inesistente” e credito “non spettante”. E l’atto di indirizzo del MEF del 1° luglio 2025 ha chiarito come gli uffici devono applicare quella distinzione ai crediti per ricerca e sviluppo.
Perché lo Studio Monardo si occupa proprio di questo tema? Perché un avviso bonario su un credito d’imposta è, insieme, una questione tributaria e una questione di sopravvivenza finanziaria della startup. L’Avv. Giuseppe Angelo Monardo coordina uno staff multidisciplinare operante a livello nazionale in diritto bancario e tributario, che consente di leggere l’avviso con gli occhi dell’avvocato e del commercialista nello stesso momento; ed è avvocato cassazionista, il che significa poter seguire la stessa linea difensiva dalla prima risposta all’Agenzia fino all’ultimo grado di giudizio, dove oggi si decidono le questioni più delicate sui crediti d’imposta.
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Blocco A — Le basi
“Mi è arrivato un avviso bonario sul credito d’imposta: è già una multa?”
No. È una comunicazione, non ancora un atto di riscossione: le dà la possibilità di correggere, spiegare o pagare con sanzioni ridotte prima che la pretesa diventi una cartella.
L’avviso bonario (il nome tecnico è “comunicazione di irregolarità”) è il risultato di un incrocio automatico. Il software dell’Agenzia confronta la sua dichiarazione con i dati che ha in archivio: modelli F24, quadro RU, dichiarazioni degli anni precedenti, crediti riportati. Se i numeri non tornano, il sistema calcola una maggiore imposta, aggiunge sanzioni e interessi e le manda la comunicazione.
Per una startup il caso tipico è questo: nel quadro RU della dichiarazione risulta un credito per ricerca e sviluppo di un certo importo, ma negli F24 dell’anno ne è stato compensato di più; oppure il credito è stato usato prima che fosse “utilizzabile”; oppure è stato riportato da una dichiarazione precedente che l’Agenzia non trova o considera omessa.
Che cosa non è l’avviso bonario? Non è un avviso di accertamento, non è una cartella, non è un titolo esecutivo. Nessuno può pignorare il conto della società sulla base del solo avviso. Però è il primo anello di una catena: se lei non fa nulla, le somme vengono iscritte a ruolo e arriva la cartella di pagamento, con la sanzione piena.
La regola pratica è semplice: l’avviso bonario non si ignora, si legge riga per riga. Dentro ci sono il codice del controllo, il periodo d’imposta, il tributo, l’importo contestato e la causale dello scostamento. È da lì che si capisce se l’Agenzia ha ragione, se ha torto o se ha usato uno strumento che non poteva usare (ci torniamo nel Blocco C).
“Chi può ricevere un avviso bonario per crediti d’imposta? Anche una startup in perdita?”
Sì, anche una startup che non ha mai pagato un euro di IRES può riceverlo, perché il problema non è il reddito: è l’uso del credito.
Molti fondatori pensano: “Siamo in perdita, non abbiamo imposte, il Fisco non ha niente da chiederci”. È un ragionamento sbagliato. I crediti d’imposta agevolativi (ricerca e sviluppo, innovazione tecnologica, design, beni strumentali 4.0, formazione 4.0) si usano quasi sempre in compensazione orizzontale tramite F24: con quel credito la startup paga ritenute dei dipendenti, contributi INPS, IVA. Se l’Agenzia ritiene che il credito compensato fosse superiore a quello dichiarato o non ancora disponibile, il “debito” nasce proprio dalle ritenute e dai contributi che risultano pagati con moneta fiscale non valida.
Possono ricevere l’avviso:
- la società startup (S.r.l., S.p.A., anche startup innovativa iscritta nella sezione speciale del Registro delle imprese ai sensi dell’art. 25 del D.L. 179/2012);
- la società che ha incorporato la startup o ne ha acquistato un ramo con il credito;
- in alcuni casi, i soci di società trasparenti, per la quota imputata.
Chi riceve fisicamente la comunicazione? Di norma la società via PEC, oppure il commercialista che ha trasmesso la dichiarazione, attraverso il canale telematico. In quest’ultimo caso il termine per pagare diventa di 90 giorni dalla trasmissione all’intermediario, ma attenzione: se il professionista non la inoltra in tempo, il termine corre lo stesso.
“Entro quando devo muovermi?”
Entro 60 giorni dal ricevimento, per gli avvisi elaborati dal 1° gennaio 2025; entro 90 giorni se l’avviso è stato trasmesso telematicamente al suo intermediario.
Il D.Lgs. 108/2024 ha raddoppiato il vecchio termine di 30 giorni. Conta però la data di elaborazione dell’avviso, non quella in cui lo ha letto: una comunicazione elaborata a fine dicembre 2024 e consegnata a gennaio 2025 segue ancora le regole vecchie.
Entro quei 60 giorni lei può fare tre cose, anche combinate:
- pagare l’importo, con la sanzione ridotta a un terzo (controllo automatizzato) o a due terzi (controllo formale);
- rateizzare, versando la prima rata entro lo stesso termine: il piano arriva fino a 20 rate trimestrali;
- contestare, chiedendo la rettifica tramite il canale CIVIS o presentando documentazione all’ufficio. Se l’Agenzia accoglie in parte, le invia una comunicazione definitiva rideterminata, e i 60 giorni per pagare con lo sconto ripartono da quella.
Un dettaglio che spesso sfugge: i 60 giorni dell’avviso bonario non sono un termine processuale, quindi non beneficiano della sospensione feriale. La sospensione dal 1° al 31 agosto vale invece per i termini del ricorso davanti al giudice tributario, quando arriverà la cartella o l’atto di recupero.
“Quanto mi costa se ho davvero sbagliato?”
Dipende da quando è stata commessa la violazione, ma per gli errori dal 1° settembre 2024 in poi la sanzione da avviso bonario pagato nei termini è dell’8,33% dell’imposta.
Il D.Lgs. 87/2024 ha abbassato la sanzione per omesso versamento dal 30% al 25% per le violazioni commesse dal 1° settembre 2024. Se paga entro i 60 giorni un avviso da controllo automatizzato, la sanzione si riduce a un terzo: 8,33%. Per il controllo formale (36-ter) la riduzione è ai due terzi: 16,67%. Per violazioni precedenti restano il 30% di base e il 10% ridotto.
Questo vale quando l’avviso “tratta” lo scostamento come un omesso versamento: il credito compensato in eccesso viene considerato, in sostanza, imposta non pagata. Diverso il discorso se l’Agenzia non si ferma all’avviso e contesta il credito come non spettante o inesistente con un atto di recupero: lì le sanzioni sono quelle dell’art. 13 del D.Lgs. 471/1997, più pesanti, e cambiano anche i termini (ne parliamo nella “domanda che nessuno fa”).
Blocco B — La procedura
“Come leggo l’avviso per capire dove sta l’errore?”
Si parte dal prospetto di liquidazione, non dalla cifra finale: è lì che l’Agenzia scrive quale dato non le torna.
Ogni avviso contiene, oltre all’importo, un prospetto con le voci “dichiarato”, “liquidato” e “differenza”, divise per tributo e per anno. Per i crediti d’imposta le causali più frequenti sono:
- credito compensato in F24 superiore a quello indicato nel quadro RU o nel rigo del credito d’imposta della dichiarazione;
- credito riportato dall’anno precedente che non risulta nella dichiarazione di quell’anno (perché omessa, tardiva oltre i 90 giorni, oppure compilata con un codice diverso);
- utilizzo del credito prima della data da cui è utilizzabile (per esempio prima della presentazione della dichiarazione o prima del termine previsto dalla norma agevolativa);
- compensazione oltre i limiti annui o senza visto di conformità, quando richiesto per crediti IVA o da imposte dirette sopra soglia.
Il metodo che usiamo è sempre lo stesso: ricostruire, anno per anno, la “vita” del credito. Quando è nato, quanto valeva, dove è stato dichiarato, quando e con quali F24 è stato usato, quale residuo è stato riportato. Se questa ricostruzione coincide con quella dell’Agenzia, l’errore c’è e conviene chiudere con la sanzione ridotta. Se non coincide, si sa esattamente su quale anello della catena puntare.
Un consiglio da tenere a mente: chieda subito al commercialista l’estratto degli F24 compensati dal cassetto fiscale e le ricevute delle dichiarazioni di tutti gli anni coinvolti. Sono i documenti che servono in ogni caso, che si decida di pagare o di contestare.
“Posso spiegare le mie ragioni all’Agenzia prima di finire davanti a un giudice?”
Sì, e in molti casi è la mossa più efficace: la contestazione dell’avviso bonario è una fase amministrativa, rapida, che non richiede un processo.
Le strade sono due. La prima è il servizio CIVIS, accessibile dall’area riservata del sito dell’Agenzia, attraverso cui si chiede l’assistenza sulle comunicazioni di irregolarità allegando documenti. La seconda è la richiesta di rettifica presso l’ufficio territoriale, eventualmente accompagnata da un’istanza di autotutela. Dal 2024 lo Statuto del contribuente distingue l’autotutela obbligatoria (art. 10-quater), dovuta per errori manifesti come l’errore di calcolo o sul soggetto, e quella facoltativa (art. 10-quinquies).
Cosa allegare, per un credito R&S o innovazione? Le dichiarazioni dell’anno di maturazione e degli anni di utilizzo, gli F24 con i codici tributo, la certificazione contabile delle spese, la relazione tecnica, se c’è la certificazione prevista dall’art. 23 del D.L. 73/2022. La risposta all’avviso deve dimostrare un dato, non raccontare un’opinione: l’operatore che la legge lavora su numeri e documenti.
Cosa può succedere? L’Agenzia può annullare l’avviso, ridurlo (e allora le manda una comunicazione definitiva con il nuovo importo e i 60 giorni ricominciano), oppure confermarlo. Se lo conferma e lei non paga, si va a ruolo.
Una cosa da sapere: il contraddittorio preventivo obbligatorio introdotto nell’art. 6-bis dello Statuto non si applica agli atti automatizzati e di pronta liquidazione. Per questo, nel controllo da 36-bis, la comunicazione di irregolarità è di fatto il suo unico momento di confronto prima della cartella. Sprecarla è un errore che si paga.
“Posso fare ricorso direttamente contro l’avviso bonario?”
Può, ma non è obbligata a farlo: la Cassazione considera l’avviso bonario un atto impugnabile in via facoltativa.
L’avviso bonario non compare nell’elenco degli atti impugnabili dell’art. 19 del D.Lgs. 546/1992. La giurisprudenza, però, da anni ammette il ricorso contro qualsiasi atto che porti a conoscenza del contribuente una pretesa tributaria definita, spiegandone le ragioni: è la linea seguita, tra le altre, da Cass. n. 3466/2021 e ribadita da Cass. ord. n. 2092/2025.
Due conseguenze pratiche.
La prima: se non impugna l’avviso, non perde nulla. Potrà sollevare tutte le sue ragioni contro la cartella che seguirà. La seconda: il ricorso contro l’avviso non blocca l’Agenzia, che può comunque iscrivere a ruolo e far notificare la cartella; la stessa ord. 2092/2025 lo ha chiarito.
C’è però un caso in cui impugnare subito diventa necessario. La Cassazione, con l’ord. n. 10732 del 14 aprile 2025, ha stabilito che quando l’avviso riconosce solo in parte un credito d’imposta chiesto a rimborso in dichiarazione, vale come diniego di rimborso, e come tale va impugnato nei termini. Se una startup ha chiesto il rimborso di un credito e l’avviso lo taglia, aspettare la cartella può significare perdere la possibilità di contestare quel taglio.
Quando conviene allora il ricorso immediato? Quando la questione è giuridica e non di semplice calcolo, quando la cifra è significativa, quando c’è il rischio che la stessa contestazione si ripeta sugli anni successivi. Negli altri casi spesso è più efficiente usare bene la fase amministrativa e tenersi pronti per la cartella.
“Cosa succede se non pago e non rispondo?”
L’importo viene iscritto a ruolo con la sanzione piena e arriva la cartella di pagamento: da quel momento ha 60 giorni per pagare o fare ricorso.
La sequenza è descritta nella tabella che segue. La riportiamo perché, in questa materia, l’errore più frequente è confondere i termini tra loro.
| Fase | Atto | Termine | Davanti a chi |
|---|---|---|---|
| 1. Controllo | Liquidazione automatizzata (36-bis) o controllo formale (36-ter) | Entro il 31 dicembre del secondo anno (36-ter) dopo la presentazione; termini di iscrizione a ruolo previsti dall’art. 25 D.P.R. 602/1973 | Agenzia delle Entrate |
| 2. Comunicazione | Avviso bonario | 60 giorni dal ricevimento (90 se all’intermediario) per pagare, rateizzare o contestare | Agenzia delle Entrate (CIVIS / ufficio) |
| 3. Eventuale rettifica | Comunicazione definitiva rideterminata | Nuovi 60 giorni per pagare con sanzione ridotta | Agenzia delle Entrate |
| 4. Iscrizione a ruolo | Ruolo e cartella di pagamento | 60 giorni dalla notifica per pagare o ricorrere | Agenzia delle Entrate–Riscossione |
| 5. Ricorso | Ricorso alla Corte di giustizia tributaria di primo grado | 60 giorni dalla notifica della cartella (sospensione feriale 1-31 agosto) | CGT di primo grado |
| 6. Appello | Appello | 60 giorni dalla notifica della sentenza (o 6 mesi dal deposito) | CGT di secondo grado |
| 7. Legittimità | Ricorso per cassazione | 60 giorni dalla notifica (o 6 mesi dal deposito) | Corte di Cassazione |
| Parallelo | Atto di recupero ex art. 38-bis D.P.R. 600/1973 (se l’Agenzia contesta la spettanza/esistenza) | Notifica entro il 31/12 del 5° anno successivo all’utilizzo (non spettante) o dell’8° (inesistente) | Agenzia delle Entrate, poi CGT |
Dal 2024 il reclamo-mediazione è stato eliminato: il ricorso va direttamente al giudice. Insieme al ricorso si può chiedere la sospensione della cartella, se il pagamento immediato rischia di mettere in ginocchio la società: per una startup con cassa contata è spesso il punto decisivo.
Ricordi anche che, una volta iscritto a ruolo, il debito pesa sulla capacità di compensare: la legge prevede il blocco delle compensazioni in presenza di carichi affidati alla riscossione oltre una determinata soglia, introdotto dalla legge di bilancio 2024 e poi ritoccato; la soglia vigente va verificata al momento. Per una startup che vive di compensazioni, questo può fermare i pagamenti degli stipendi.
“Se voglio rateizzare, come funziona?”
La rateazione parte da sola: basta versare la prima rata entro i 60 giorni, senza domanda.
Le somme dell’avviso bonario si possono dividere fino a 20 rate trimestrali di pari importo, con interessi sulle rate successive alla prima. Il piano si attiva con il pagamento della prima rata nel termine: nessuna istanza, nessuna autorizzazione.
Tre avvertenze. Primo: la rateazione non vuol dire accettare la pretesa per sempre in ogni sua parte; se c’è una quota chiaramente errata, conviene chiederne prima la correzione, poi rateizzare il residuo. Secondo: esiste il cosiddetto “lieve inadempimento” (piccoli ritardi o differenze minime non fanno decadere il piano), ma il mancato pagamento di una rata oltre la scadenza di quella successiva fa perdere il beneficio, con iscrizione a ruolo del residuo e sanzione piena sulla parte non pagata. Terzo: per una startup, la rata trimestrale va messa a budget come un costo fisso. Molte decadenze nascono non dalla mancanza di soldi, ma da una scadenza dimenticata in un mese di chiusura del round.
Blocco C — I casi particolari
“L’Agenzia può togliermi il credito R&S con un semplice controllo automatico?”
Solo se l’errore emerge da un confronto cartolare dei dati; se per negarlo deve valutare se il progetto era davvero ricerca e sviluppo, il controllo automatizzato non basta.
Questo è il punto su cui si giocano molte difese. L’art. 36-bis serve a correggere errori materiali, di calcolo, incongruenze tra dichiarazione e dati dell’anagrafe tributaria. Non serve a fare accertamenti.
La Cassazione lo ha ripetuto nel 2025 con due pronunce gemelle nella sostanza. Con l’ord. n. 13898 del 26 maggio 2025 ha ammesso il disconoscimento del credito tramite controllo automatizzato perché nel caso concreto il recupero si fondava solo sui dati delle dichiarazioni e dell’anagrafe. Con la sentenza n. 28785 del 31 ottobre 2025 ha precisato che la procedura automatizzata non è vietata in sé per i crediti, ma è legittima solo quando non richiede valutazioni; se servono verifiche di merito sulla spettanza, occorre un atto motivato.
Per una startup con un credito R&S la conseguenza è chiara. Se l’avviso contesta che il credito compensato supera quello dichiarato, il 36-bis è lo strumento giusto e la difesa si gioca sui numeri. Se invece l’avviso (o la cartella che segue) nega il credito perché l’attività non avrebbe il requisito di novità secondo il Manuale di Frascati, l’Agenzia ha usato lo strumento sbagliato: quella è una contestazione di merito che richiede un atto di recupero motivato, con le garanzie e i termini propri.
Lo Studio Monardo, grazie al coordinamento dell’Avv. Giuseppe Angelo Monardo — cassazionista e coordinatore di uno staff multidisciplinare nazionale in diritto bancario e tributario — imposta fin dalla risposta all’avviso la distinzione tra errore “cartolare” e contestazione “di merito”, perché è quella che decide quale atto l’Agenzia avrebbe dovuto usare.
“E se il credito l’ho solo indicato in dichiarazione ma non l’ho mai usato?”
Allora, di regola, l’Agenzia può correggere la dichiarazione, ma non può chiederle soldi con una cartella.
È una situazione frequentissima per le startup: il credito R&S maturato viene indicato nel quadro RU e riportato di anno in anno, ma la società non ha ancora debiti con cui compensarlo. Se l’Agenzia lo ritiene sbagliato, che cosa può fare?
La Cassazione, con l’ord. n. 33278 depositata il 19 dicembre 2025, ha ribadito un principio netto: il recupero tramite cartella da controllo automatizzato presuppone che il credito sia stato effettivamente utilizzato in compensazione o rimborsato. Se è rimasto sulla carta, l’ufficio può solo rettificare la dichiarazione, eliminando o riducendo il credito, ma non trasformare una voce a credito in un debito da pagare subito. La stessa linea emerge dalle pronunce dello stesso periodo sul credito IVA non utilizzato.
C’è poi una questione collegata, che riguarda il quadro RU. Con l’ord. n. 8287 del 29 marzo 2025 la Cassazione ha stabilito che, se il credito R&S è stato correttamente indicato nella dichiarazione dell’anno di maturazione, la mancata compilazione del quadro RU negli anni in cui viene compensato non lo rende inesistente. È un errore dichiarativo, non la sparizione del diritto.
In pratica: prima di pagare un avviso su un credito, verifichi quanto ne ha davvero usato. La parte non utilizzata, di norma, non può essere “incassata” dal Fisco con una cartella.
“Il credito R&S me lo hanno negato perché i fondi erano finiti: è inesistente?”
No. La Cassazione ha detto chiaramente che un credito negato per esaurimento delle risorse è, al più, non spettante.
Alcune agevolazioni per ricerca e sviluppo (soprattutto quelle della prima generazione) erano subordinate a un’autorizzazione o a un tetto di risorse. Se i fondi finivano, il credito non veniva autorizzato. L’Agenzia, in diversi casi, lo ha poi trattato come inesistente, con la conseguenza di applicare il termine lungo di otto anni e sanzioni più pesanti.
La Cassazione, con l’ord. n. 13508 del 9 maggio 2026, ha respinto questa impostazione: il diniego dovuto all’incapienza dei fondi non tocca i presupposti sostanziali del credito, che quindi esiste, anche se non è utilizzabile. È un credito non spettante, con il termine ordinario di decadenza.
Lo stesso ragionamento è stato applicato dai giudici di merito alle contestazioni sulla “novità” dei progetti. La Corte di giustizia tributaria di secondo grado della Lombardia, con la sentenza n. 883 del 4 aprile 2025 e con la sentenza n. 1482 depositata il 16 giugno 2025, ha ritenuto che progetti realmente svolti, ma giudicati dall’ufficio poco innovativi alla luce del Manuale di Frascati, diano luogo al massimo a crediti non spettanti, e che l’innovazione richiesta sia “relativa” allo stato delle conoscenze accessibili all’impresa, non assoluta. Su questa linea si colloca anche l’atto di indirizzo del MEF del 1° luglio 2025.
“Abbiamo la certificazione del credito R&S: ci protegge davvero?”
Sì, e in modo significativo: se la certificazione riguarda l’attività effettivamente svolta, un atto che contesta solo la qualificazione tecnica dell’investimento rischia la nullità.
L’art. 23 del D.L. 73/2022 ha introdotto la possibilità di farsi rilasciare, da soggetti qualificati iscritti in un apposito albo, una certificazione che attesta che le attività svolte rientrano tra quelle di ricerca e sviluppo, innovazione tecnologica o design. Le linee guida del MIMIT del 4 luglio 2024 ne hanno precisato i contenuti.
L’atto di indirizzo del MEF del 1° luglio 2025 ha dato a questo documento un peso molto concreto: la certificazione può essere chiesta anche dopo aver fatto gli investimenti, purché sulle violazioni non sia già stato redatto un processo verbale di constatazione. E se l’Agenzia contesta il credito solo sotto il profilo della qualificazione tecnica, l’atto può essere impugnato per nullità.
Due limiti onesti. La certificazione non copre gli aspetti contabili (se le spese sono state davvero sostenute e documentate) né gli errori di compensazione: un avviso bonario che contesta un F24 sbagliato resta un avviso fondato, certificazione o no. E la certificazione deve descrivere l’attività realmente svolta, non quella progettata sulla carta: la Cassazione penale, con la sentenza n. 16532 depositata il 5 maggio 2025, si è occupata dei confini della responsabilità dei professionisti che certificano questi crediti.
Blocco D — Le paure finali
“Rischio di dover restituire tutto il credito, più le sanzioni, in un colpo solo?”
Non necessariamente. Dipende da cosa contesta l’avviso, da quanto credito è stato usato e da quale strumento ha scelto l’Agenzia.
La paura più comune è quella del “tutto e subito”: restituire l’intero credito R&S di più anni con sanzioni piene e interessi. Nella realtà, l’avviso bonario da 36-bis riguarda di solito una differenza, non l’intero credito: la parte compensata in eccesso, la parte usata in anticipo, la parte riportata senza traccia.
Se l’avviso pretende di più, ci sono tre filtri da applicare. Primo: la parte non usata non si recupera con cartella. Secondo: la contestazione di merito sulla natura del progetto non si fa con il controllo automatico. Terzo: la rateazione permette di diluire in fino a 20 rate trimestrali la parte effettivamente dovuta.
Il limite reale va detto con chiarezza: se il credito è stato davvero compensato oltre il dovuto, quella differenza va restituita. L’obiettivo della difesa non è far sparire un debito esistente, ma evitare di pagare ciò che non è dovuto e di pagarlo nel modo più oneroso.
“Può diventare un problema penale per me come amministratore?”
Solo oltre soglie precise e con presupposti specifici; un avviso bonario, da solo, non è un’accusa penale.
Il reato di indebita compensazione (art. 10-quater del D.Lgs. 74/2000) scatta quando si usano in compensazione crediti non spettanti o inesistenti per un importo annuo superiore a 50.000 euro. Il D.Lgs. 87/2024 ha inserito nella legge le definizioni di credito inesistente e non spettante anche ai fini penali, e ha previsto ipotesi di non punibilità per alcune situazioni di non spettanza legate a incertezze interpretative.
Per una startup, la maggior parte degli avvisi bonari riguarda importi molto sotto quella soglia e errori di compensazione, non frodi. Il rischio penale esiste, ma si valuta caso per caso, e spesso si riduce drasticamente quando si dimostra che il credito esiste e che la contestazione riguarda la sola spettanza. Se però gli importi sono rilevanti e l’Agenzia parla di inesistenza, è il momento di coordinare la difesa tributaria con quella penale fin dal primo atto.
“Quanto tempo ho davvero, prima che arrivino a pignorarmi il conto?”
Più di quanto pensi, ma meno di quanto sembri: tra avviso e azioni esecutive ci sono più passaggi, ciascuno con il suo termine.
Dopo l’avviso bonario (60 giorni), se non paga arriva la cartella, che va pagata o impugnata entro 60 giorni dalla notifica. Solo dopo, se non c’è sospensione, l’Agenzia delle Entrate–Riscossione può avviare azioni cautelari ed esecutive. Ogni passaggio è un’occasione per intervenire, ma ogni termine che lascia scadere le toglie uno strumento: lo sconto sulle sanzioni, la possibilità di impugnare, la possibilità di chiedere la sospensione prima che parta il pignoramento.
Una rassicurazione fondata: la cartella si può impugnare anche se non ha contestato l’avviso, e il giudice può sospenderla. Un limite reale: la sospensione non è automatica, va chiesta e motivata, e non sempre viene concessa.
“La startup è in difficoltà: se arriva anche questo debito, chiudiamo?”
Non per forza. Il debito fiscale si può rateizzare, contestare nelle parti non dovute e, se la crisi è più ampia, gestire dentro gli strumenti della crisi d’impresa.
Un avviso bonario su un credito R&S può arrivare proprio nel momento più fragile: round in ritardo, burn rate alto, crediti che la startup contava di usare per pagare i contributi. Se il problema è solo questo debito, rateazione e contestazione mirata di solito bastano.
Se invece l’avviso è la goccia in un quadro di difficoltà più ampio, esistono strumenti pensati per l’impresa che vuole continuare: la composizione negoziata della crisi prevista dal D.L. 118/2021 (ora nel Codice della crisi), con l’affiancamento di un esperto indipendente, e le procedure di sovraindebitamento per le realtà minori. Il debito fiscale non è necessariamente la fine: diventa pericoloso quando lo si lascia crescere senza decidere nulla.
“Mi fa vedere un esempio concreto?”
Volentieri. Le due simulazioni che seguono sono ipotesi dimostrative, costruite su numeri realistici per mostrare il ragionamento; non riproducono casi reali dello studio.
Simulazione 1 — Compensazione oltre il credito dichiarato (errore reale, chiusura conveniente)
- Ipotesi: startup innovativa S.r.l. con credito per ricerca e sviluppo maturato nel 2023 pari a 38.740 €, indicato correttamente nel quadro RU.
- Nel corso del 2024, tra settembre e dicembre, la società compensa in F24 ritenute e contributi per un totale di 41.215 € usando quel codice tributo.
- Differenza compensata in eccesso: 41.215 − 38.740 = 2.475 €.
- Il controllo automatizzato della dichiarazione relativa al 2024 rileva lo scostamento. L’avviso bonario, elaborato nel 2026, viene ricevuto via PEC il 16 marzo 2026: il termine di 60 giorni scade il 15 maggio 2026.
- Violazione commessa dopo il 1° settembre 2024 → sanzione base 25% = 618,75 €; pagando entro il termine la sanzione si riduce a un terzo: 206,25 €, oltre agli interessi calcolati dall’Agenzia.
- Verifica preliminare: si controlla che nessuna parte degli F24 riguardi un altro credito (per esempio un credito formazione con codice tributo diverso, erroneamente imputato). Se tutto coincide, l’errore è reale.
- Esito: conviene pagare 2.475 + 206,25 + interessi, eventualmente rateizzando. Se la società lasciasse scadere il termine, la cartella porterebbe la sanzione piena di 618,75 €, cioè 412,50 € in più solo di sanzione, oltre agli oneri di riscossione.
Simulazione 2 — Avviso che disconosce l’intero credito per “mancanza di innovatività” (strumento sbagliato, difesa piena)
- Ipotesi: startup S.r.l. con credito R&S maturato nel 2021 per 64.930 €, riportato nelle dichiarazioni successive. Nel 2022 la società ne usa in compensazione 22.118 €; il residuo di 42.812 € resta inutilizzato.
- L’Agenzia, partendo da una segnalazione, considera i progetti privi di novità secondo il Manuale di Frascati e, invece di notificare un atto di recupero motivato, emette una comunicazione da controllo automatizzato che azzera l’intero credito e chiede 64.930 € più sanzioni.
- Primo filtro (strumento): la contestazione richiede una valutazione tecnica dell’attività → non è un errore cartolare → il controllo automatizzato non è lo strumento idoneo (Cass. n. 28785/2025).
- Secondo filtro (utilizzo): i 42.812 € mai compensati non possono essere chiesti con cartella (Cass. ord. n. 33278/2025); al massimo si rettifica la dichiarazione.
- Terzo filtro (qualificazione): anche nel merito, progetti effettivamente svolti ma ritenuti poco innovativi danno luogo, secondo l’atto di indirizzo MEF del 1° luglio 2025 e la giurisprudenza di merito, a un credito al più non spettante: termine di decadenza quinquennale dall’utilizzo e sanzione del 25%, non del 70% prevista per l’inesistente.
- Quarta verifica (termini): utilizzo nel 2022 → per il non spettante l’atto di recupero va notificato entro il 31 dicembre 2027. Se l’Agenzia ritarda o insiste con lo strumento sbagliato, il tempo gioca a favore della società.
- Mossa operativa: risposta documentata all’avviso entro i 60 giorni, con ricostruzione degli utilizzi, relazione tecnica e, se possibile, certificazione ex art. 23 D.L. 73/2022 (acquisibile anche ex post in assenza di PVC). Se arriva la cartella, ricorso con richiesta di sospensione.
- Esito della simulazione: la pretesa “a cartella” scende da 64.930 € (più sanzioni) a zero sul piano dello strumento; nel peggiore degli scenari, la partita si sposta su un eventuale atto di recupero per i soli 22.118 € utilizzati, da discutere nel merito.
La domanda che nessuno fa, ma tutti dovrebbero fare
“Il mio credito, per l’Agenzia, è ‘inesistente’ o ‘non spettante’? E chi l’ha deciso?”
È la domanda che cambia tutto, eppure quasi nessuno la pone quando riceve l’avviso. La risposta determina tre cose: quanto tempo ha il Fisco, quanto pesano le sanzioni e se c’è un rischio penale.
Le Sezioni Unite della Cassazione, con la sentenza n. 34419 dell’11 dicembre 2023, hanno chiarito che un credito è inesistente solo se ricorrono insieme due condizioni: manca il presupposto costitutivo (il credito è frutto di una rappresentazione artificiosa, non è mai nato o era già estinto quando è stato usato) e la sua inesistenza non è rilevabile con i controlli automatizzati o formali. Se manca anche uno solo dei due requisiti, il credito è non spettante. La sentenza gemella n. 34452 della stessa data ha tratto le conseguenze sul piano delle sanzioni.
Il legislatore ha poi codificato la distinzione con il D.Lgs. 87/2024, e il D.Lgs. 13/2024 ha introdotto l’atto di recupero dell’art. 38-bis del D.P.R. 600/1973, con un termine di cinque anni dall’utilizzo per i crediti non spettanti e di otto anni per quelli inesistenti. Sul piano sanzionatorio, il credito non spettante è punito con il 25%, l’inesistente con il 70%.
Ecco il paradosso che pochi notano: se l’Agenzia ha potuto contestare il credito con un controllo automatizzato, per definizione l’inesistenza era “riscontrabile” con quei controlli. Quindi, secondo il criterio delle Sezioni Unite, quel credito non può essere qualificato come inesistente. Un argomento che, in molte vicende, sposta la qualificazione verso la non spettanza, con termini più brevi e sanzioni più leggere.
Perché nessuno se lo chiede? Perché l’avviso bonario non usa queste parole: indica importi e codici. La qualificazione emerge dopo, nell’atto di recupero o nel giudizio. Chi la imposta fin dall’inizio, nella risposta all’avviso, si costruisce un vantaggio che vale per tutti i gradi successivi.
“Ma i giudici cosa dicono?”
Ecco i riferimenti giurisprudenziali e di prassi che, ad oggi, orientano la difesa di una startup che riceve un avviso bonario su crediti d’imposta. Per ciascuno: estremi, principio riformulato, perché conta per lei.
- Cass., Sezioni Unite, 11 dicembre 2023, n. 34419 — Il credito è inesistente solo se mancano i presupposti costitutivi e, insieme, l’inesistenza non è rilevabile con i controlli automatizzati o formali; in tutti gli altri casi è non spettante, con termini ordinari. Rilevanza: è il criterio base per contestare la qualificazione più grave e il termine lungo.
- Cass., Sezioni Unite, 11 dicembre 2023, n. 34452 — Pronuncia gemella che applica la distinzione tra crediti inesistenti e non spettanti al regime delle sanzioni. Rilevanza: la qualificazione decide anche quanto si paga di sanzione, non solo entro quando può agire il Fisco.
- Cass., ord. 26 maggio 2025, n. 13898 — Il disconoscimento di un credito tramite controllo automatizzato è legittimo quando ha carattere cartolare e non richiede valutazioni, basandosi solo su dichiarazioni e anagrafe tributaria. Rilevanza: delimita quando l’avviso bonario sul credito è lo strumento giusto.
- Cass., 31 ottobre 2025, n. 28785 — La procedura del 36-bis non è esclusa in astratto per i crediti, ma è ammessa solo se l’irregolarità emerge da un riscontro formale; se occorrono verifiche di merito sulla spettanza, serve un atto diverso. Rilevanza: è l’argomento centrale contro gli avvisi che negano il credito R&S per ragioni tecniche.
- Cass., ord. 19 dicembre 2025, n. 33278 — Il recupero con cartella di un credito esposto in dichiarazione richiede che il credito sia stato effettivamente utilizzato o rimborsato; altrimenti l’ufficio può solo rettificare la dichiarazione. Rilevanza: protegge il credito R&S riportato ma non ancora compensato, situazione tipica delle startup.
- Cass., ord. 29 marzo 2025, n. 8287 — Il credito R&S correttamente dichiarato nell’anno di maturazione non diventa inesistente per la sola mancata compilazione del quadro RU negli anni di utilizzo. Rilevanza: smonta avvisi fondati su un vizio solo dichiarativo.
- Cass., ord. 9 maggio 2026, n. 13508 — Il credito R&S negato per esaurimento delle risorse disponibili non è inesistente ma, al più, non spettante, con applicazione del termine ordinario di decadenza. Rilevanza: esclude il termine di otto anni in un’ipotesi ricorrente per le agevolazioni più datate.
- Cass., ord. 14 aprile 2025, n. 10732 — L’avviso bonario che riconosce solo in parte un credito chiesto a rimborso funziona come diniego di rimborso ed è autonomamente impugnabile nei termini. Rilevanza: in questo caso aspettare la cartella è rischioso; bisogna valutare subito il ricorso.
- Cass., ord. n. 2092/2025 — L’impugnazione dell’avviso bonario è una facoltà, non un onere, e non impedisce all’Amministrazione di iscrivere a ruolo e notificare la cartella. Rilevanza: chiarisce che non impugnare l’avviso non fa perdere difese, ma che impugnarlo non blocca la riscossione.
- Cass., ord. 12 luglio 2022, n. 22061 — L’omesso invio della comunicazione di irregolarità, quando dovuta, costituisce di regola una mera irregolarità e non preclude il pagamento con sanzione ridotta dopo la cartella; la nullità è riservata ai casi di incertezze rilevanti sulla dichiarazione (art. 6, comma 5, Statuto). Rilevanza: se l’avviso non è mai arrivato, si può comunque chiedere la riduzione delle sanzioni e valutare la nullità quando il caso presentava incertezze rilevanti.
- CGT di secondo grado della Lombardia, 4 aprile 2025, n. 883 — L’innovazione richiesta per il credito R&S è relativa, da misurare rispetto alle conoscenze accessibili all’impresa, non assoluta rispetto al mercato. Rilevanza: utile per le startup software e digitali, spesso contestate per “mancanza di novità”.
- CGT di secondo grado della Lombardia, sentenza n. 1482 depositata il 16 giugno 2025 — Il disconoscimento di crediti R&S relativi a progetti realmente svolti, ma ritenuti dall’ufficio privi di innovatività in base al Manuale di Frascati, integra al più una non spettanza. Rilevanza: sposta la contestazione su termini e sanzioni meno gravi.
- CGT di secondo grado della Campania, 17 luglio 2025, n. 5158 — Applica il principio delle Sezioni Unite: il termine di otto anni vale solo per i crediti inesistenti, che richiedono la compresenza dei due requisiti. Rilevanza: conferma che la giurisprudenza di merito segue in modo uniforme il criterio del 2023.
- TAR Lazio, 29 luglio 2025, n. 15039 — Pronuncia intervenuta, nello stesso periodo dell’atto di indirizzo MEF, sulla disciplina dei crediti per ricerca e sviluppo e sulla distinzione tra non spettanza e inesistenza. Rilevanza: segnala che il tema è oggetto anche del giudice amministrativo, con effetti sugli strumenti di qualificazione.
- Cass. pen., n. 16532 depositata il 5 maggio 2025 — Ha precisato i confini della responsabilità penale dei professionisti che certificano crediti per ricerca e sviluppo. Rilevanza: ricorda che la certificazione deve aderire all’attività realmente svolta; è una tutela forte, non un lasciapassare.
- Atto di indirizzo MEF del 1° luglio 2025 (prassi, non giurisprudenza) — Riconduce alla non spettanza le contestazioni sulla sola qualificazione tecnica dei progetti R&S e riconosce alla certificazione ex art. 23 D.L. 73/2022, acquisibile anche ex post in assenza di PVC, l’effetto di rendere censurabili per nullità gli atti che contestano solo quel profilo. Rilevanza: è il documento da allegare in ogni risposta a un avviso che tocchi la natura del progetto.
“E voi, concretamente, cosa fate?”
Ecco gli strumenti che lo Studio Monardo mette in campo per una startup che ha ricevuto un avviso bonario su crediti d’imposta.
- Ricostruiamo la “vita” del credito anno per anno: maturazione, quadro RU, riporti, singoli F24 compensati, residuo. È la base di ogni scelta successiva.
- Confrontiamo il prospetto di liquidazione dell’avviso con la nostra ricostruzione, individuando la riga esatta in cui il dato dell’Agenzia diverge da quello reale.
- Verifichiamo se l’Agenzia poteva usare il controllo automatizzato o se la contestazione richiedeva un atto di recupero motivato, alla luce di Cass. n. 28785/2025 e n. 13898/2025.
- Separiamo la parte di credito utilizzata da quella mai compensata, contestando ogni pretesa a cartella sulla parte rimasta solo in dichiarazione.
- Prepariamo la risposta documentata all’avviso entro i 60 giorni, tramite CIVIS o all’ufficio, con istanza di autotutela quando l’errore è manifesto.
- Impostiamo fin da subito la qualificazione del credito come “non spettante” quando ne ricorrono i presupposti, per neutralizzare termine lungo e sanzioni del 70%.
- Valutiamo con i tecnici l’opportunità della certificazione ex art. 23 D.L. 73/2022, anche ex post, quando la contestazione tocca la natura del progetto.
- Calcoliamo lo scenario più conveniente tra pagamento, rateazione e contestazione, così che la startup decida con i numeri davanti.
- Impugniamo l’avviso quando vale come diniego di rimborso o quando conviene anticipare il giudizio, e impugniamo la cartella con richiesta di sospensione quando il pagamento immediato metterebbe a rischio la continuità aziendale.
- Coordiniamo, se gli importi lo richiedono, la difesa tributaria con i profili penali e con gli strumenti della crisi d’impresa, perché un avviso non resti un problema isolato.
L’Avv. Giuseppe Angelo Monardo è avvocato cassazionista; coordinatore di uno staff multidisciplinare operante a livello nazionale in diritto bancario e tributario; Gestore della crisi da sovraindebitamento (L. 3/2012) iscritto negli elenchi del Ministero della Giustizia; professionista fiduciario di un OCC (Organismo di Composizione della Crisi); Esperto Negoziatore della crisi d’impresa ai sensi del D.L. 118/2021.
In una vicenda come questa pesa soprattutto il coordinamento dello staff multidisciplinare in diritto bancario e tributario: la ricostruzione degli F24, la lettura del quadro RU e la valutazione della spettanza sono lavoro da commercialista e da avvocato insieme, e lo staff li fa lavorare sullo stesso fascicolo, nello stesso momento. Altrettanto rilevante, quando la startup attraversa una fase di tensione finanziaria, è la qualifica di Esperto Negoziatore ai sensi del D.L. 118/2021, che consente di valutare se il debito fiscale vada gestito dentro un percorso di composizione negoziata.
C’è poi la continuità della strategia: la risposta all’avviso, il ricorso contro la cartella, l’appello e, se necessario, il ricorso in Cassazione sono seguiti dallo stesso difensore, con la stessa linea. Le questioni sui crediti d’imposta si decidono spesso proprio in Cassazione, e impostare bene gli argomenti dal primo atto evita di doverli correggere quando è troppo tardi. Avvocati e commercialisti dello staff lavorano insieme sul caso dall’inizio alla fine: l’analisi, la strategia e gli atti nascono dallo stesso tavolo.
In chiusura: tre cose da ricordare
Dalle risposte di questa guida emergono tre messaggi.
Primo: l’avviso bonario è un’occasione, non una condanna. Nei 60 giorni lei può pagare con lo sconto, rateizzare o far correggere l’errore. Lasciarli passare significa trasformare un problema gestibile in una cartella con sanzione piena.
Secondo: non tutto ciò che l’Agenzia chiede con un controllo automatico può essere chiesto così. Se il credito non è stato usato, o se per negarlo serve valutare il progetto, lo strumento è sbagliato.
Terzo: la qualificazione del credito decide termini, sanzioni e rischi. “Non spettante” e “inesistente” sono due mondi diversi, e la partita si imposta dalla prima risposta.
Lo Studio Monardo segue questi casi perché uniscono diritto tributario, conti aziendali e contenzioso fino all’ultimo grado: è il terreno su cui operano lo staff multidisciplinare nazionale in diritto bancario e tributario coordinato dall’Avv. Monardo e la sua abilitazione di avvocato cassazionista, a cui si aggiunge, quando la startup è in tensione finanziaria, la qualifica di Esperto Negoziatore della crisi d’impresa.
📩 Il termine dell’avviso bonario non aspetta: inviaci oggi stesso la comunicazione ricevuta e la analizzeremo con lo staff — trovi tutti i contatti dello studio al termine di questa guida.
