Accertamento Fiscale A Laboratori Di Analisi: Come Difendersi

Da Giuseppe Monardo
Settembre 27, 2025
05:26

Hai ricevuto un accertamento fiscale come laboratorio di analisi? In questi casi, l’Agenzia delle Entrate presume che parte dei ricavi derivanti da prestazioni sanitarie, esami clinici e servizi diagnostici non sia stata dichiarata correttamente o che vi siano irregolarità nella gestione contabile e amministrativa. Le conseguenze possono essere molto gravi: recupero delle imposte, applicazione di sanzioni pesanti e, nei casi più seri, contestazioni penali per dichiarazione infedele. Tuttavia, non sempre l’accertamento è fondato: con una difesa ben documentata è possibile dimostrare la correttezza della gestione fiscale o ridurre sensibilmente le pretese del Fisco.

Quando l’Agenzia delle Entrate contesta i redditi di un laboratorio di analisi
– Se i ricavi dichiarati risultano sproporzionati rispetto al numero di pazienti o alle prestazioni registrate
– Se vi sono incongruenze tra le fatture emesse e i dati trasmessi al Sistema Tessera Sanitaria
– Se i movimenti bancari superano i ricavi dichiarati in contabilità
– Se l’Ufficio presume la presenza di prestazioni “in nero” pagate in contanti senza emissione di ricevuta
– Se emergono scostamenti dagli indici ISA o da parametri medi del settore sanitario

Conseguenze dell’accertamento fiscale
– Recupero a tassazione dei compensi ritenuti non dichiarati
– Applicazione di sanzioni fino al 200% delle maggiori imposte accertate
– Interessi di mora sulle somme contestate
– Rettifica delle dichiarazioni fiscali e possibili controlli successivi più frequenti
– Nei casi più gravi, denuncia penale per dichiarazione infedele o frode fiscale

Come difendersi dall’accertamento
– Dimostrare la corrispondenza tra prestazioni erogate, pazienti registrati e ricavi dichiarati
– Produrre fatture, ricevute, estratti conto e documentazione sanitaria a supporto
– Contestare ricostruzioni presuntive basate su parametri standardizzati non rappresentativi della realtà del laboratorio
– Evidenziare errori di calcolo, difetti istruttori o vizi di motivazione nell’accertamento
– Richiedere la riqualificazione della contestazione per ridurre le sanzioni applicabili
– Presentare ricorso alla Corte di Giustizia Tributaria per ottenere l’annullamento totale o parziale della pretesa

Il ruolo dell’avvocato nella difesa
– Analizzare la documentazione fiscale e sanitaria oggetto di contestazione
– Verificare la legittimità della contestazione e la corretta imputazione dei ricavi
– Predisporre un ricorso fondato su prove concrete e vizi procedurali dell’accertamento
– Difendere il laboratorio davanti ai giudici tributari e, se necessario, anche in sede penale
– Tutelare il patrimonio aziendale e dei soci da richieste fiscali sproporzionate

Cosa puoi ottenere con una difesa efficace
– L’annullamento totale o parziale della contestazione
– La riduzione delle sanzioni e degli interessi applicati
– La sospensione delle richieste di pagamento già notificate
– Il riconoscimento della correttezza della contabilità e delle dichiarazioni rese
– La certezza di pagare solo quanto realmente previsto dalla legge

⚠️ Attenzione: i laboratori di analisi sono tra i soggetti più controllati dal Fisco per l’incrocio dei dati fiscali con quelli del Sistema Tessera Sanitaria. È fondamentale predisporre una difesa tempestiva e ben documentata per evitare pesanti conseguenze fiscali e penali.

Questa guida dello Studio Monardo – avvocati esperti in diritto tributario e sanitario – spiega come difendersi in caso di accertamento fiscale a carico di laboratori di analisi e quali strategie adottare per tutelare i tuoi interessi.

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Introduzione

Il laboratorio di analisi cliniche è un’attività sanitaria soggetta a particolari normative fiscali. I ricavi derivanti da prestazioni sanitarie a favore di pazienti sono in linea generale esenti IVA (art.10, comma 1, n.18, DPR 633/72 ), mentre sono soggetti a imposte dirette e all’IRAP come qualsiasi impresa. Quando l’Agenzia delle Entrate o la Guardia di Finanza avviano un accertamento fiscale, il laboratorio deve dimostrare la corretta applicazione delle norme (in particolare esenzione IVA, deduzioni IRAP, riconoscimento dei rimborsi dal SSN, ecc.) e rispondere alle contestazioni. L’obiettivo di questa guida (rivolta ad avvocati, imprenditori e privati debitore) è fornire un quadro approfondito di come si svolgono gli accertamenti fiscali sul settore, con riferimenti legislativi, giurisprudenza aggiornata, tabelle riepilogative e simulazioni pratiche. Le fonti più autorevoli e recenti sono citate in ogni sezione .

Quadro normativo di riferimento

Prestazioni sanitarie ed esenzione IVA. L’art. 10, comma 1, n. 18 del DPR 633/1972 prevede l’esenzione IVA per le «prestazioni sanitarie di diagnosi, cura e riabilitazione rese alla persona nell’esercizio delle professioni e arti sanitarie soggette a vigilanza» . Pertanto, un laboratorio di analisi cliniche autorizzato e accreditato, che eroga servizi a fini diagnostici, deve applicare aliquota 0 (esente). La Corte di Cassazione (ordinanza n. 28940/2020) ha confermato che le analisi di laboratorio eseguite da una struttura sanitaria accreditata nel SSN sono esenti anche se richieste da una struttura diversa, ribadendo che «è indifferente, ai fini dell’esenzione, che il laboratorio che esegue il prelievo effettui anche le analisi o le demandi ad altro laboratorio, fermo restando il proprio responsabile verso il paziente» . In sostanza, il presupposto dell’esenzione è la natura “sanitaria” e diagnostica della prestazione, non la titolarità diretta del rapporto con il paziente . Le autorità fiscali richiedono al contribuente di dimostrare rigorosamente il possesso delle autorizzazioni e dell’accreditamento, nonché la concreta finalità diagnostica delle analisi . Ad esempio, se un laboratorio esegue anche analisi non direttamente connesse alla salute umana (p.es. valutazioni ambientali), tali prestazioni non rientrano nell’esenzione IVA perché non dirette alla tutela della salute della persona .
Imposta Regionale sulle Attività Produttive (IRAP). L’IRAP si calcola sulla differenza tra valore e costi della produzione (art. 5, d.lgs. 446/97). Per il settore sanitario non esistono esenzioni specifiche: il laboratorio di analisi, in quanto impresa, è soggetto a IRAP al 4,82% (aliquota ordinaria), con la possibilità di dedurre dal valore della produzione i costi del personale dipendente e assimilato fino al 75% e un’ulteriore deduzione di €7.500 per ogni dipendente (art. 11, d.lgs. 201/2011). In pratica, il costo del lavoro (stipendi dei biologi, infermieri, tecnici, amministrativi) riduce significativamente la base imponibile IRAP, ma occorre conservare le buste paga e contratti applicati per giustificare in sede di verifica la deduzione【40†】. Nel contesto di un accertamento, l’Amministrazione può contestare, ad esempio, la non deducibilità di costo del lavoro se ritiene non sussistere l’autonoma organizzazione (com’è richiesto per i liberi professionisti) o verificare la corrispondenza tra i dipendenti dichiarati e quelli effettivamente operativi (in base ai cedolini e libri matricola).
Reddito di impresa e rimborsi SSN. I compensi riscossi dal laboratorio di analisi (anche dalle ASL/Regioni a titolo di rimborso SSN) concorrono alla formazione del reddito d’impresa ai fini IRES e IRPEF. Non esistono regole speciali di riconoscimento tributario per tali entrate: sono normali proventi d’esercizio. Ad esempio, se l’ASL “liquidasse” al laboratorio un contributo per prestazioni SSN, tale somma andrà documentata e dichiarata come ricavo. In alcuni casi l’Agenzia può contestare ricavi non dichiarati rilevati dai flussi informativi del sistema sanitario (elenco prestazioni eseguite), o addirittura ritenere che alcune prestazioni siano state contabilizzate erroneamente. È fondamentale tenere contabilità trasparente delle prestazioni convenzionate (fatture emesse verso ASL, contratti di convenzione). Inoltre, sul fronte IVA, i rimborsi SSN non costituiscono operazioni imponibili né rilevanti come acquisto di beni (perciò non ci sono IVA da compensare): l’attenzione fiscale verte sul trattamento come ricavo d’impresa.
Altri aspetti fiscali. Per completezza: i laboratori di analisi, se costituiti in forma societaria, saranno soggetti anche all’IRES al 24% sul reddito. Non vi sono regimi forfettari particolari per gli enti non commerciali; i laboratori accreditati possono costituirsi in forma cooperativa o consortile, ma ciò non comporta agevolazioni fiscali specifiche se operano in regime di impresa. In generale, l’accertamento fiscale potrà riguardare le imposte dirette (reddito e IRAP) e quelle indirette (IVA). È pertanto essenziale riferirsi alle norme delle lettere sopra indicate (art. 10 DPR 633/72 per IVA, art. 5 D.Lgs. 446/97 e segg. per IRAP) e alle circolari/prassi dell’Agenzia (ad es. risposta 275/2023 sulla fatturazione ).

Procedura dell’accertamento fiscale

L’accertamento fiscale può essere attivato dall’Agenzia delle Entrate o dalla Guardia di Finanza. Le principali fasi sono:

Questionario e accesso. Spesso inizia con l’invio di un questionario fiscale (art. 51 DPR 600/73) oppure con un’istruttoria sui conti bancari. La Guardia di Finanza può compiere accessi e verifiche documentali (art. 52 DPR 217/67) nella sede dell’impresa, acquisendo libri contabili e dati. In questa fase il contribuente può fornire chiarimenti e documentazione integrativa, senza però ammettere colpevolmente l’inesattezza delle dichiarazioni. Ad esempio, se giustifica l’esenzione IVA con il documento di accreditamento sanitario, può esibire la delibera di autorizzazione, l’iscrizione all’albo ASL, i diplomi del personale sanitario e i protocolli clinici adottati, dimostrando che le analisi sono effettivamente prestazioni sanitarie.
Avviso di accertamento. Se l’Amministrazione ritiene di avere elementi sufficienti, notifica un avviso di accertamento indicando le voci di reddito o IVA contestate, l’anno d’imposta e l’aliquota o la base imponibile rivisti. Nel caso di IVA, si citano spesso gli artt. 26 e 51 DPR 633/1972 (impugnazione del contribuente). L’avviso è atto formale che dettaglia la pretesa fiscale. Ad esempio, un’accertamento analitico-induttivo può far emergere ricavi imputati d’ufficio maggiorati rispetto a quelli dichiarati, in base a indici di congruità o sulla scorta del numero di analisi eseguite (calcolando un importo standard a prestazione). L’Amministrazione mira a dimostrare differenze, come: liquidità dei conti superiore ai ricavi denunciati, mancata fatturazione di parte dei servizi, deduzioni indebitamente reclamate.
Contestazioni principali. Nei laboratori di analisi, le contestazioni ricorrenti riguardano:
IVA sulle prestazioni sanitarie. L’Agenzia può insinuare che alcune prestazioni non rientrino nell’ambito sanitario (ad es. servizi di consulenza non strettamente medica), o mettere in dubbio l’accreditamento autorizzando l’A.S.L. La Cassazione, però, sostiene che se la prestazione è di natura sanitaria l’esenzione si applica indipendentemente dal convenzionamento . Un rischio tipico: l’Ufficio può sostenere che il laboratorio abbia ceduto materiale medico (kit, reagenti) o prestato servizi ausiliari (perizie, montaggio di apparecchi) che non sarebbero esenti. Allora, in mancanza di specificazione nelle fatture, può contestare IVA ordinaria su queste componenti.
IRAP e costi del lavoro. Se l’Amministrazione dubita dell’autonoma organizzazione, può non riconoscere la deduzione dei compensi di collaboratori esterni e valutare IRAP su base più ampia. Ad esempio, in passato la Corte di Cassazione ha chiarito che collaborazioni occasionali con compenso a forfait devono essere considerate per intero nell’IRAP se configurano una continuativa organizzazione del lavoro . In pratica, il contribuente deve dimostrare con contratti e buste paga la natura dei rapporti.
Redditi non dichiarati. L’accertamento induttivo può anche riguardare i ricavi da SSN non denunciati. Le ASL inviano periodicamente dati (liste prestazioni, esenzioni, piani terapeutici) che permettono all’Ufficio di incrociare fatturati e rimborsi ricevuti. Se emergono somme incassate mai riversate nella contabilità, viene emesso un accertamento con maggior reddito.
Forniture e collaborazioni sospette. Sulla base della giurisprudenza Cassazione (Cass. 2025), l’Amministrazione può utilizzare presunzioni gravi per contestare operazioni (es. fatture d’acquisto) come fittizie . Ad esempio, se un laboratorio paga in contanti un terzo laboratorio senza contratto ufficiale (come avvenuto nel caso di specie Cassazione), l’Ufficio può sostenere che si tratti di operazioni inesistenti finalizzate a gonfiare i costi. Solo se l’Agenzia prova l’inesistenza e la consapevolezza fraudolenta, il contribuente deve provare la non colpevolezza .
Presunzioni e onere della prova. La giurisprudenza fiscale impone all’Agenzia di provare i profili essenziali della frode (inesistenza oggettiva e dolo soggettivo) . In Cassazione 9588/2019 si afferma che «spetta all’Agenzia dimostrare sia l’inesistenza oggettiva dell’operazione che la consapevolezza del contribuente della frode» , a pena di nullità dell’avviso. Tuttavia, lo stesso orientamento ammette che l’Erario possa fare uso di prove presuntive severe, precise e concordanti per ricavare l’inesistenza . Ad esempio, nel caso analizzato dalla Cassazione 2025, il Tribunale e la Commissione Regionale avevano ritenuto provate operazioni inesistenti in presenza di fatture senza data certa, pagamenti in contanti elevati, rapporti societari stretti tra il presunto beneficiario e il fornitore, uso in comune dei locali, mancanza di legittimazione per svolgere l’attività da parte della società fornitrice. La Suprema Corte ha confermato tali presunzioni, rigettando la prova contraria del contribuente (un disco ottico di dati medici) come insufficiente. Da ciò emerge che il contribuente deve accertarsi di conservare ogni documentazione ufficiale (regolari contratti, deleghe, documenti con data certa) e di motivare le ragioni economiche di scelte organizzative (per esempio, perché ha incaricato un laboratorio esterno anziché svolgere in proprio determinate analisi). Senza documenti solidi, il rischio di subire un accertamento induttivo è maggiore.

Aspetti chiave di difesa

Il contribuente (laboratorio), nel corso dell’accertamento, dispone di alcuni diritti e strumenti di difesa, che devono essere tempestivamente utilizzati:

Accesso agli atti. È possibile chiedere all’Agenzia di prendere visione degli atti amministrativi e documenti utilizzati per la formazione dell’avviso (diritto di accesso, L. 241/1990). Questo consente di verificare ad esempio le elaborazioni statistiche o le segnalazioni di cui l’Ufficio è partito, e di preparare controdeduzioni mirate.
Risposta al questionario e memorie. La risposta al questionario e la presentazione di memorie difensive sono opportunità per spiegare all’Ufficio le specificità dell’attività. Ad esempio, si possono evidenziare protocolli diagnostici, certificazioni di qualità, contratti di accreditamento (con la Regione o l’ASL) a riprova della licenza sanitaria. Importante: non ammettere senza prova la non imponibilità IVA, ma produrre certificati ufficiali e delibere ASL a supporto.
Richiesta di interpello o consulenza preventiva. In presenza di dubbi sull’applicazione dell’esenzione IVA o sulla qualificazione fiscale di certe operazioni, si può richiedere (in via preliminare) un interpello (consultazione fiscale) all’Agenzia . L’Ordine dei Dottori Commercialisti consiglia questo approccio quando l’attività è in fase di organizzazione o ristrutturazione . Una risposta positiva all’interpello impegnerebbe l’Amministrazione, fornendo al laboratorio uno “scudo” in caso di successivo controllo.
Collocazione tecnica e prudente della fatturazione. Il laboratorio deve eseguire le prestazioni con scrupolo contabile: emettere fattura sempre (non scontrino parlante) per ogni analisi diagnostica resa , numerandola progressivamente. Sulla fattura occorre specificare la natura della prestazione sanitaria (p.es. “Analisi ematochimica, esame numerico emocromocitometrico a fini diagnostici – assistenza Sanitaria CERT.”) , indicando chiaramente che si tratta di servizi esenti (art.10 n.18, DPR 633/72). L’Agenzia ricorda che, contrariamente alle prestazioni commerciali ordinarie, anche se il paziente non richiede fattura, il laboratorio è obbligato a emetterla . Un errore comunissimo è quello di incassare prima il ticket o il corrispettivo e ritardare la fattura: questa prassi, pur diffusa, può essere contestata in sede di controllo .
Conservazione accurata dei documenti. È fondamentale mantenere tutta la documentazione fiscale e sanitaria: cartelle cliniche, referti d’esame, richieste dei medici, contratti di convenzionamento, rapporti con i fornitori, protocolli interni. Ad esempio, nel contenzioso medesimo delle RSA (Cass. 14178/2025), la Corte ha suggerito di tenere i registri con le diagnosi e gli outcome terapeutici per dimostrare la prevalenza sanitaria delle prestazioni . Analogamente, un laboratorio di analisi potrebbe raccogliere gli invii dei medici, le prenotazioni via CUP, i prospetti ASL di liquidazione, e ogni prova che non si tratta di prestazioni puramente alberghiere ma diagnostiche.
Ravvedimento e definizione agevolata. Se l’azienda riscontra autonomamente degli errori (ad esempio IVA non assolta, IRAP non versata o tardiva), può valutare di regolarizzarli mediante ravvedimento operoso (art.13 DLgs. 472/97), pagando sanzioni ridotte. In caso di notifica di accertamento, l’adesione all’avviso di accertamento (art. 6 DLgs. 218/97) o la definizione agevolata (ex comma 2 L. 234/2021) sono procedure possibili per chiudere il contenzioso accettando una riduzione delle imposte e sanzioni. La scelta dipende dal rapporto di forza con l’Amministrazione: se le contestazioni appaiono infondate (es. il laboratorio è convinto della validità dell’esenzione IVA), meglio affidarsi al ricorso in Commissione Tributaria; in caso contrario, compensare con riduzione sanzioni può essere conveniente per chiudere rapidamente.
Ricorso in Commissione Tributaria. Se si riceve un avviso formale, il contribuente ha 60 giorni di tempo (art. 21 DLgs. 546/92) per proporre ricorso presso la Commissione Tributaria Provinciale competente, esponendo i motivi di impugnazione. In questa fase conviene riassumere dettagliatamente tutti i fatti e le prove raccolte: qualifica delle prestazioni, documenti di accreditamento, elaborazioni che provino i parametri e gli indici economici (come prescrizioni medie annue per medico, per tipologia di analisi). È utile citare, oltre alla normativa, anche precedenti di merito analoghi a difesa. Se il ricorso viene rigettato, si può proporre appello in Commissione Regionale e in ultimo ricorso in Cassazione (sempre entro scadenze rigide).

Domande frequenti (Q&A)

D: Se ricevo un questionario dell’Agenzia, devo rispondere?
R: Sì, è consigliabile fornire entro i termini gli elementi richiesti (dati contabili, estratti conto, elenco analisi eseguite, ecc.). Tuttavia, nella risposta non bisogna fornire ammissioni che possano essere usate contro di te. Meglio accompagnare la consegna dei documenti con una lettera di presentazione, spiegando il modello organizzativo dell’attività (ad es. rapporto medico-paziente → rimborsi SSN) e rimandando per spiegazioni più dettagliate alla documentazione allegata. Si possono chiedere chiarimenti o integrazioni all’Ufficio nel caso di quesiti non chiari. È opportuno anche nominare formalmente un consulente di fiducia (commercialista o avvocato tributarista) per seguire il procedimento.
D: Devo emettere fattura per ogni prelievo analitico?
R: Sì. L’Agenzia delle Entrate ha chiarito (Risposta interpello 275/2023) che ogni prestazione sanitaria di diagnosi eseguita dal laboratorio richiede l’emissione della fattura (o nota di credito) . Anche se il paziente è un privato e non ha espressamente chiesto il documento, la fattura è obbligatoria per queste attività sanitarie. Pertanto, il laboratorio deve emettere fattura immediata al momento dell’incasso o, se previsto, fattura differita (purché emessa entro il 15 del mese successivo, con riferimento agli scontrini parlanti se presenti). La fattura deve riportare natura, qualità e quantità della prestazione (ad esempio: “Analisi del sangue: emocromo completo, emocromocitometria, proteine C-reattiva”) e l’annotazione dell’esenzione IVA (art. 10, n. 18) .
D: Posso considerare esenti da IVA tutte le analisi?
R: In linea di principio sì, se le analisi sono svolte a fini di diagnosi medica e rientrano nelle prestazioni sanitarie vigilate . Il contribuente dovrà dimostrare in caso di controllo che l’esame era finalizzato alla cura o alla diagnosi clinica (ad es. conservare la richiesta del medico curante sul paziente o referti con diagnosi correlate). Attenzione però a eventuali eccezioni: se il laboratorio vende anche farmaci, presidi sanitari o prodotti non connessi a diagnosi (per esempio aghi, strumentazioni comprate e rivendute), su questi va applicata l’IVA ordinaria (o l’esenzione specifica se ricade in altri n. del DPR 633/72). Allo stesso modo, consulenze gestionali o affitto di locali a terzi non sono esenti IVA. Ogni voce di reddito “estranea” alle prestazioni mediche (anche attività formativa non sanitaria) va analizzata separatamente.
D: Come si comporta l’IRAP in presenza di contributi ASL?
R: I contributi o rimborsi dall’ASL rientrano comunque nei ricavi. Tuttavia, essendo già contabilizzati, il loro effetto sul valore della produzione è neutralizzato dal costo sostenuto (ad es. il laboratorio sostiene un costo per eseguire l’analisi e lo riporta come ricavo rimborsato, le due voci si “autocompensano” ai fini dell’utile). Quindi, ai fini IRAP, vanno considerati sia i ricavi (rimborsi) sia i costi direttamente legati a quelli. La base imponibile si calcola in modo ordinario, sottraendo i costi ammessi (lavoro, beni intermedi, servizi ricevuti) dalle prestazioni sanitarie (ricavi da SSN compresi). Solo il valore aggiunto “netto” concorre all’IRAP. In definitiva, non esistono trattamenti IRAP agevolati specifici per i rimborsi SSN.
D: L’Agenzia sostiene che alcune fatture di acquisto siano false, come ci si difende?
R: In tal caso l’accertamento è basato su una contestazione di costi fittizi (operazioni inesistenti). La giurisprudenza Cassazione impone all’Amministrazione di provare l’inesistenza dell’operazione e la partecipazione del contribuente alla frode . Il laboratorio dovrà dunque produrre tutti i documenti in suo possesso (contratti, DDT, ordini, registri pagamenti, eventuale copertura bancaria o consegne materiali) che attestino la genuinità della fornitura. Se esistono contratti interni scritti, fatture con dettagliata descrizione dell’attività (es. “affidamento in outsourcing di [specifica prestazione di analisi]”), e modalità di pagamento tracciabili, questi possono contrastare le presunzioni. La Cassazione 2025 ha sottolineato che anche la prova contraria (ad esempio, un archivio dei dati delle analisi) dev’essere rigorosa, pena il mantenimento della presunzione di frode . Pertanto, la difesa dovrà evidenziare qualsiasi elemento “grave e preciso” che giustifichi l’operazione (es. ragioni di specializzazione, necessità tecniche, rapporto con lo specialista fornito). Se l’Agenzia non adempie interamente al proprio onere probatorio, il ricorso può essere accolto in base a Cassazione 9588/2019 .

Procedure di difesa in sede di contenzioso

Accertamento con adesione. Entro 30 giorni dalla notifica dell’avviso di accertamento, il contribuente può proporre un accertamento con adesione presso l’Agenzia (art. 6, DLgs. 218/1997). In pratica, si negozia con l’Amministrazione per ridurre le imposte contestate ottenendo uno sconto sulle sanzioni (ridotte al massimo al 15%). Si evita così il contenzioso tributario, ma si accetta implicitamente la pretesa di base (anche se ridotta). Questo strumento è utile quando si ritiene probabile di dover pagare qualcosa, ma si vuole attenuare l’esborso complessivo.
Rateazione e blocco degli atti esecutivi. Dopo il 1° gennaio 2020 gli atti di accertamento tributario hanno efficacia di titolo esecutivo già a decorrere dal 60° giorno successivo alla notifica (art. 68-bis, DPR 602/73). Ciò significa che la riscossione forzata può partire anche se l’impugnazione è in corso, ma in presenza di ricorso la sospensione è automatica se si versa un’acconto del 20% del contestato (art. 68-ter). In ogni caso, si può chiedere la rateizzazione del pagamento (art. 19, DPR 602/73), presentando istanza motivata su gravi difficoltà economiche.
Ricorso tributario e gradi di giudizio. Se non si opta per l’adesione, il ricorso alla Commissione Tributaria è obbligatorio entro 60 giorni . Bisogna redigere un atto di citazione con esposizione del diritto e dei fatti, allegando documenti. Successivamente, se si perde, è possibile appellare in Commissione Regionale e, con estrema limitazione (ricorso per cassazione), portare poi in Cassazione questioni di diritto (non si ripropongono i fatti, ma solo errori giuridici). É essenziale di sollevare fin da subito tutte le eccezioni: ad es. irregolarità di notifica, novità inammissibili in giudizio, contraddizioni.

Tabelle di riepilogo

Procedure di accertamento fiscale (tempistiche):
Questionario fiscale: 30 giorni per risposta (dalla notifica).
Accesso ispettivo: l’ufficiale di PG si presenta, effettua verifiche e rapporti.
Avviso di accertamento: entro 31 dicembre del quinto anno successivo alla dichiarazione (4 anni dall’anno della dichiarazione), l’ufficio notifica il primo atto accertativo formale.
Rateizzazione: entro 60 giorni dal versamento acconto, atti di riscossione sospesi.
Ricorso tributario: entro 60 giorni dall’avviso (Commissione Provinciale).
Appello: entro 60 giorni dalla sentenza di primo grado (Commissione Regionale).
Principali imposte e regimi applicabili:

Imposta	Base imponibile	Aliquota	Esenzioni/applicabilità principali
IVA (art.10 n.18, DPR 633/72)	Prestazioni sanitarie di diagnosi, cura e riabilitazione rese alla persona	0% (esente)	Si applica se il laboratorio è autorizzato come struttura sanitaria vigilata . In caso di prestazioni extra-sanitarie, IVA ordinaria.
IRAP	Differenza tra Valore e Costi della produzione (art.5, d.lgs. 446/97)	4,82% (ordinaria)	Deduzione forfettaria 7.500€ per dipendente e 75% costi del lavoro (art.11 d.lgs.201/2011). Nessuna esenzione speciale per sanità.
IRES	Reddito d’impresa (utile fiscale)	24%	Nessuna esenzione; rimborsi SSN inclusi nei ricavi.
Ritenuta d’acconto	Compensi a liberi professionisti (D.Lgs. 80/1998)	20% su compensi (20% da ritenere a carico del committente)	Se il laboratorio avvale di professionisti esterni (biologi, medici) pagati come liberi professionisti, applica ritenuta del 20%. Non si applica ai dipendenti o collaboratori occasionali (rapporti occasionali <30gg).

Controlli e contestazioni tipiche:

Tipo di controllo	Possibili contestazioni del Fisco	Documenti chiave da produrre per la difesa
Controllo dell’IVA sulle prestazioni sanitarie	Mancata emissione fattura (uso errato scontrini parlanti); posizionamento errato nel n.19/n.18; deduzioni IVA su fatture fornitori contestate.	Autorizzazioni sanitarie, contratti ASL, specifiche fatture di analisi, norme di riferimento (Cass. 28940/2020 ).
Verifica dei ricavi dichiarati	Scarto dei ricavi rispetto a ISA o a flussi SSN; introdotti ricavi in nero o non contabilizzati.	Registri contabili, dati Cup/ASL, prospetti liquidazione ASL, movimenti bancari.
Controllo IRAP	Ribasso della base imponibile (dubbia deducibilità costi); disconoscimento di deduzioni per lavoro dipendente o autonomo.	Libro unico paga, cedolini, contratti di lavoro, documenti di spesa (salari, contributi).
Operazioni inesistenti	Contestazione di fatture passive come false o fittizie (beni/servizi mai forniti).	Contratti di servizio, DDT, fatture originali, corrispondenza con fornitori, prova del pagamento.

Esempi di simulazioni pratiche

Simulazione 1 – Controllo IVA su prestazioni esenti:
Un laboratorio accreditato ha fatturato €500.000 in analisi cliniche nel 2024 (tutte esenti IVA) e €50.000 in vendita di forniture mediche (soggette a IVA). L’Ufficio contesta che alcune fatture di analisi erano incomplete e diffida sulla legittimità dell’esenzione. Il laboratorio produce la delibera ASL di accreditamento 2022 e dichiara: «analisi di laboratorio con finalità diagnostica per paziente», accompagnando gli estratti CUP/SSN che confermano le prestazioni erogate. Richiama Cass. 28940/2020: “le analisi di laboratorio eseguite da struttura accreditata nel SSN nell’interesse di pazienti di altra struttura accreditata e su incarico di questa sono esenti IVA” . Grazie a tali elementi, l’accertamento IVA viene annullato in sede di Commissione Tributaria.
Simulazione 2 – Accertamento analitico-induttivo:
La Guardia di Finanza rileva che i conti correnti aziendali mostrano prelievi in contanti di €200.000 nel biennio, ma il laboratorio ha dichiarato ricavi molto inferiori. Viene calcolato induttivamente un ricavo aggiuntivo di €150.000 che avrebbe dovuto essere fatturato e tassato come esente. L’accertamento contesta IRPEF/IRAP su questo importo non dichiarato. Il contribuente documenta che i prelievi corrispondono alle fatture già emesse (fornendo registro cassa e scontrini parlanti abbinati alle fatture di competenza) e fa presente che ogni euro di ricavo aggiuntivo è già confluito nei prospetti ASL di rimborso (quindi già dichiarato come “ricavo SSN”). Con le prove bancarie e i documenti ASL, l’Agenzia non può riqualificare il prelievo in contanti come reddito nascosto. Inoltre, citando Cassazione 9588/2019 , il laboratorio sottolinea che la deduzione implicita di un aumento di reddito presuppone prova chiara dell’effettiva percezione di quelle somme, altrimenti l’avviso è illegittimo.
Simulazione 3 – Deduzione costi IRAP:
Un laboratorio ha 3 medici convenzionati e 5 tecnici di laboratorio dipendenti. L’IRAP 2022 calcola un base imponibile di €100.000. L’Amministrazione contesta il costo di €30.000 pagato a un collaboratore esterno come «non deducibile». Il laboratorio dimostra che si trattava di un biologo assunte con contratto di prestazione continuativa (disciplinato, buste paga, contributi) necessario per l’attività. Inoltre, applica la deduzione forfetaria del 75% e i 7.500€ per ciascun dipendente come previsto dalle istruzioni fiscali . Nella contraddittorio, cita la circolare AE IRAP e lo statuto del regime forfettario: se il contributo fosse disconosciuto ingiustamente, il contribuente può presentare conciliazione oppure proporre ricorso nei termini (il risultato finale sarà la riammissione parziale di quelle spese, diminuendo l’IRAP).
Simulazione 4 – Accertamento su operazioni inesistenti:
Durante un accesso, la Finanza acquisisce alcune fatture passive emesse da una ditta collegata al laboratorio, senza timbri e dattiloscritte. L’avviso di accertamento contesta €60.000 di costi fittizi, disconoscendo l’IVA detratta. La difesa del laboratorio si basa sulle norme di prova: fa presente che l’onere di provare la fittizietà spetta all’Amministrazione . Pur ammettendo la contiguità societaria (stessa sede legale e soci), si produce un contratto di mandato operativo che giustifica i compensi come consulenze sanitarie fornite da collaboratore. La Commissione Tributaria rigetta l’accertamento perché l’Ufficio non ha dimostrato con elementi precisi l’inesistenza delle prestazioni (mancava verbale di controllo tecnico o certificazioni alternative). In precedenti analoghi, la Cassazione ha infatti annullato accertamenti IVA analoghi per difetto di prova oggettiva .

Conclusioni e consigli pratici

In sintesi, la difesa in un accertamento fiscale verso un laboratorio di analisi si basa su tre pilastri:

Documentazione solida: autocertificazioni di analisi cliniche, registri del paziente, contratti, convenzioni ASL/Regione, curricula del personale sanitario.
Corretta applicazione delle norme: fatturazione sempre regolare (anche per l’attività convenzionata) , dichiarazione completa dei ricavi e delle spese, calcolo IRAP secondo le istruzioni vigenti.
Uso strategico delle forme di conciliazione: interpello preventivo, accertamento con adesione quando opportuno, e contenzioso tributario informato da giurisprudenza e dottrina aggiornata.

Alla luce di Cassazione e prassi citate, il punto di vista del debitore (laboratorio) deve essere proattivo: prevenire le contestazioni adottando modelli organizzativi compliance (p.es. contratti chiari con i fornitori, protocolli interni dettagliati), preparare in anticipo le risposte a potenziali rilievi, e coinvolgere professionisti esperti di fiscalità sanitaria per gestire l’eventuale contenzioso. Ad esempio, come per le strutture RSA , anche per i laboratori è cruciale dimostrare con dati obiettivi che la loro attività è essenzialmente sanitaria e non commerciale. In caso di vertenze, è utile ricordare la necessità di impegno probatorio: l’Agenzia deve dimostrare le sue contestazioni (art. 2697 c.c. in combinato con Cass. 9588/2019 ), mentre il contribuente dovrà rivolgersi a questo principio e offrire ogni prova idonea a respingere le deduzioni dell’Ufficio.

In conclusione, un laboratorio di analisi sottoposto a verifica fiscale deve agire con piano difensivo coordinato, che coniughi rigore contabile e conoscenza delle fonti aggiornate. Come ha osservato la prassi tributaria, «le prestazioni sanitarie rese da laboratori di analisi devono essere certificate con fattura» , ma sempre esenti IVA se effettivamente diagnostiche . Questa combinazione di legge e giurisprudenza offre strumenti solidi per respingere contestazioni infondate e tutelare i diritti del contribuente debitore durante e dopo l’accertamento.

Hai ricevuto un avviso dall’Agenzia delle Entrate perché, come laboratorio di analisi cliniche o diagnostiche, ti vengono contestati ricavi non dichiarati o irregolarità fiscali? Fatti Aiutare da Studio Monardo

Hai ricevuto un avviso dall’Agenzia delle Entrate perché, come laboratorio di analisi cliniche o diagnostiche, ti vengono contestati ricavi non dichiarati o irregolarità fiscali?
Vuoi sapere cosa rischi e come predisporre una difesa efficace?

👉 Prima regola: dimostra la trasparenza delle registrazioni contabili, la tracciabilità dei pagamenti e la corretta trasmissione dei dati al Sistema Tessera Sanitaria (STS).

⚖️ Quando scattano le contestazioni

Incassi in contanti per prestazioni non registrati o non fatturati;
Differenze tra i dati trasmessi al Sistema Tessera Sanitaria e quelli dichiarati;
Presunzioni di ricavi maggiori rispetto al numero di esami eseguiti;
Costi dedotti (macchinari, reagenti, personale) ritenuti non inerenti;
Incongruenze con i parametri ISA o con i margini medi di settore.

📌 Conseguenze della contestazione

Recupero delle imposte sui ricavi ritenuti occultati;
Sanzioni fiscali per dichiarazione infedele;
Interessi di mora sulle somme accertate;
Possibili contestazioni contributive e previdenziali per il personale;
Contestazioni penali in caso di evasione rilevante.

🔍 Cosa verificare per difendersi

Ogni prestazione è stata fatturata e registrata correttamente?
I dati trasmessi al Sistema Tessera Sanitaria coincidono con quelli dichiarati?
Le differenze derivano da errori di trasmissione o correzioni successive?
I costi dedotti sono strettamente inerenti e documentati?
L’accertamento si basa su prove oggettive o su presunzioni statistiche?

🧾 Documenti utili alla difesa

Fatture e ricevute emesse;
Estratti conto bancari e report POS;
Registri IVA e contabilità del laboratorio;
Comunicazioni e ricevute di invio al Sistema Tessera Sanitaria;
Contratti e documentazione relativa a personale, reagenti e macchinari.

🛠️ Strategie di difesa

Dimostrare la correttezza della contabilità e la tracciabilità dei pagamenti;
Contestare errori nei dati del Sistema Tessera Sanitaria;
Evidenziare scostamenti dai parametri ISA non come evasione ma come specificità del settore;
Eccepire vizi formali o carenze motivazionali negli atti di accertamento;
Richiedere annullamento in autotutela se la documentazione era già disponibile;
Presentare ricorso alla Corte di Giustizia Tributaria entro 60 giorni;
Attivare difesa penale mirata in caso di accuse di frode fiscale.

🛡️ Come può aiutarti l’Avv. Giuseppe Monardo

📂 Analizza i dati fiscali e sanitari contestati;
📌 Valuta la fondatezza dell’accertamento e i punti deboli delle contestazioni;
✍️ Predispone memorie difensive e ricorsi tributari;
⚖️ Ti assiste nei procedimenti fiscali e penali;
🔁 Suggerisce strategie preventive per una gestione fiscale sicura e trasparente dei laboratori.

🎓 Le qualifiche dell’Avv. Giuseppe Monardo

✔️ Avvocato esperto in contenzioso tributario e fiscalità sanitaria;
✔️ Specializzato in difesa contro contestazioni fiscali a laboratori di analisi e strutture mediche;
✔️ Gestore della crisi iscritto presso il Ministero della Giustizia.

Conclusione

Gli accertamenti fiscali ai laboratori di analisi non sempre sono fondati: spesso derivano da errori nei dati trasmessi al Sistema Tessera Sanitaria o da presunzioni statistiche.
Con una difesa mirata puoi dimostrare la regolarità della contabilità, ridurre drasticamente sanzioni e interessi ed evitare conseguenze penali.

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